É bastante comum, nas operações de exportação no modal rodoviário, a utilização das notas fiscais mãe e filhas, como popularmente são chamadas, por isso, vamos tentar explicar como elas devem ser emitidas para funcionar corretamente na DU-E. Mas reforçamos que a DU-E é instruída somente com a nota de exportação mãe, as notas filhas não devem nem ser indicadas na DU-E como notas referenciadas.
O exportador emite uma nota fiscal eletrônica de exportação, porém, a mercadoria será transportada por mais de um caminhão, como deve proceder? De acordo com a legislação, uma nota fiscal não pode amparar o transporte de mais de um veículo, sendo assim, depois de emitida a NF-e com a mercadoria total, o exportador deve emitir uma remessa para cada veículo com a quantidade e o valor correspondente que cada um transporta
Desta forma, a nota fiscal mãe é a primeira a ser emitida, sendo o documento que contém a informação total da carga e as notas fiscais filhas são aquelas emitidas com uma parte da remessa, contendo a quantidade e o valor que o veículo transportará.
Lembrando que não existe um campo nas NF-e que indique se é nota mãe ou filha, logo, para o Portal Único conseguir identificar, algumas regras deverão ser seguidas quando emitidas as notas filhas:
a) Em cada nota filha deve ser informada a chave da nota fiscal mãe no campo "Documentos Fiscais Referenciados". Não se deve informar nenhuma outra nota neste campo, somente a nota mãe.
b) A NCM e o código de produto usado nas notas filhas devem ser iguais aos usados na nota mãe.
c) O CFOP usado nas notas filhas deve terminar com 949 e deve ser do mesmo grupo da nota mãe.
Ex: se a nota mãe é do grupo 7000 (de exportação), então o CFOP das notas filhas deve ser 7949.
d) A soma das quantidades e dos valores das notas filhas deve corresponder à quantidade e ao valor da nota mãe.

Procedimentos designados ao CCT (Controle de Carga de Transporte):

Na manifestação de carga para despacho, em cada MIC deve ser manifestado a nota filha que ampara a carga transportada em tal veículo. Não podendo manifestar a nota mãe, pois não é ela que ampara o transporte, entretanto, assim que todos os veículos da mesma nota mãe ingressarem no recinto de despacho, cada um com seu respectivo MIC, o sistema automaticamente identificará que as cargas de notas filhas que chegaram ao local de despacho correspondem à totalidade da carga da nota mãe e então, executará a ação de apresentar a carga para despacho.
Após a apresentação para despacho, o CTT deixa de "enxergar" o vínculo entre o caminhão e a nota fiscal e passa a enxergar o vínculo entre o caminhão e a declaração, ou seja, ele entende que a carga da DU-E está distribuída em mais de um MIC. Isso acontece com qualquer DU-E instruída com nota fiscal, dado que antes da apresentação para despacho o controle de estoque é feito por nota e após a apresentação para despacho o controle de estoque é feito por DU-E.
As mesmas regras se aplicam aos casos em que a mercadoria necessite ser transportada desmontada em mais de um caminhão.
Exemplo: a nota mãe é de 1 máquina com valor de 100.000,00, que será transportada em 4 caminhões. A NCM e o código de produtos usados nas notas filhas devem ser iguais aos usados na nota mãe. As quantidades e valores das notas filhas deverão ser frações do total, por exemplo:

- Nota filha A: quantidade 0,3 e valor 30.000,00
- Nota filha B: quantidade 0,2 e valor 20.000,00
- Nota filha C: quantidade 0,4 e valor 40.000,00
- Nota filha D: quantidade 0,1 e valor 10.000,00

Reforçamos que mesmo que a unidade estatística de medida seja "UN", o SPED aceita valores "quebrados" na emissão da nota. Todavia, se forem usadas NCM diferentes nas filhas ou indicadas quantidades que na soma fiquem diferente da quantidade da mãe, o sistema não compreende que se trata de notas filhas e que existe uma nota mãe.

Fonte: Felipe Rodrigues Moreira, auditor-Fiscal da Receita Federal do Brasil.